ابر ۳۶۵ دارای یک ساختار سازمانی مبتنی بر «هولاکراسی» و بر پایه‌ی مشارکت عمومی است. در این ساختار، تصمیم‌گیری‌‌ها در یک دایره، بر اساس تخصص و به شکل کاملن مستقل گرفته می‌شود. هر دایره از چند دایره‌ی کوچک‌تر تشکیل شده که در آن وظایف و اقدامات تخصصی از سایر دایره‌ها متفاوت است. تیم راهبری به عنوان حلقه‌ی ارتباطی بین گروه‌ها، با همه‌ی دوایر ارتباط برقرار می‌کند و علاوه بر پیگیری اهداف سازمان، نقش یکپارچه‌کننده‌ی تصمیمات را نیز بر عهده دارد.